Como executar:

Duplo clique no programa que você baixou,
Instal WS_FTP...continue
Selecione A student, faculty....next
at scchol for personal use... next
acept ....ok

O programa via ser instalado confirme as demais opções com ok.

Agora abra seu programa instalado, vai abrir uma caixa com as seguintes opções:

Inicie o programa.Veja a caixa que abrirá e como configurar as opções.

.

Quando se logar verá a caixa abaixo.

O lado direito é nosso sistema que irá receber suas páginas web.
De duplo clique na pasta www.

Este o local para colocar suas páginas web, dentro do diretório www de nosso sistema

O Lado esquerdo do programa é referente a sua máquina (seu computador).

Duplo clique na seta verde e você navegará em seus arquivos internos
até achar a pasta que contem seus arquivos web. Abra a pasta...

Será algo parecido com as informações abaixo,
veja o diretório em nosso computador à esquerda.
Agora é só selecionar seu arquivo a esquerda e clicar na seta do meio.
Pronto seus arquivos virão de sua máquina para nosso sistema.
Não esqueça de trocar seus DNS na Fapesp, caso não tenha feito ainda.